A disciplina de Anatomofisiologia II é leccionada no 2º semestre do 1º ano a todos os cursos do 1º Ciclo (Ciências do Desporto, Dança, Ergonomia, Gestão do Desporto e Reabilitação Psicomotora) e visa o conhecimento integrado da estrutura e fisiologia dos sistemas e aparelhos que contribuem para a manutenção das funções vitais assim como dos sistemas reguladores da vida orgânica interna. Outros objectivos consistem no desenvolvimento: (I) de competências experimentais relacionadas com algumas funções orgânicas, (II) da capacidade reflexiva e espírito crítico acerca dos conhecimentos transmitidos e (III) da cooperação e respeito mútuo. A Anatomofisiologia II tem uma relação estreita com as disciplinas de Anatomofisiologia I e Fisiologia do Exercício.